根据以上规定，个人名下的商业用房转让的计算扣除三种方式：
1、按评估价格，建筑物按重置成本*成新率 土地价格(有票)，若土地成本没票，则评估价格=建筑物评估价格(建筑物按重置成本*成新率)，即土地成本不能扣除;
2、没评估价，有发票的，按发票金额 发票金额*5%*年数(不足半年按半年算，够半年不足一年按一年算)。
3、既无评估价格又无发票的可以核定征收，具体比例由当地主管税务机关根据市场情况核定。
但现实业务中核定征收的情况非常有限。
4、个人所得税：按财产转让所得，即(收入-可扣除成本费用-税金)*20%
(二)举例：
李先生2018年在省会城市购商铺1000平米，此商铺为老项目，含税单价3.15万元/平米，缴纳契税90万元，发生装修成本50万元，于2020年7月份出售，含税价格为3.675万元/平米，支付过户费5000元，计算李先生在转让商品过程中应交的各项税金。
李先生应缴纳的各项税费如下：
1、增值税：(3.675-3.15)/1.05*1000平米*5%=500*5%=25万元
2、城建税：25*7%=1.75万元
3、教育及地方教育附加：25*(3% 2%)=1.25万元
4、印花税：3675*5/10000=1.84万元
5、土地增值税：
扣除金额=(1000*3.15/1.05 90 50 1.75 1.25 0.50 1.84)=3145.34万元
增值额=3.675/1.05*1000-3145.34=354.66万元
增值率=354.66/3145.34*100%=11.28%
适用30%税率，土地增值税=354.66*30%=106.40万元
6、个人所得税
所得额=3.675/1.05*1000-(3145.34 106.40)=248.26万元
应交个人所得税=248.26*20%=49.65万元
李先生应缴纳各项税费合计：25 1.75 1.25 1.84 106.40 49.65=185.89万元
总结：
李先生投资3290万元，盈利3675-3290-0.5=384.50元，所交税金为185.89万元，占利润比：185.89/384.5*100%=48.35%，接近利润的一半，税负非常重。
(三)税款缴纳与发票开具
个人名下的商业用房转让在不动产坐落地主管税务机关缴纳各项税费。
根据税总函[2016]145号文件，《国家税务总局关于营业税改征增值税委托地税局代征税款和代开增值税发票的通知》第二条第(四)款，增值税小规模纳税人销售其取得的不动产以及其他个人出租不动产，购买方或承租方不属于其他个人的，纳税人缴纳增值税后可以向地税局申请代开增值税专用发票。个人属于小规模纳税人，购买方非自然人的可以代开专用发票。全国税务机关纳税服务规范3.0版明确规定，其他个人销售其取得的不动产和出租不动产，购买方或承租方不属于其他个人的，纳税人缴纳增值税等税费后可以向不动产所在地主管税务机关申请代开增值税专用发票。
